《诡秘之主》第一部原著中末日之战数个世纪以后，一支由混沌人类构成的舰队正在茫茫星海中远征，他们凭借非凡能力与蒸汽技术构建了复杂而森严的阶级社会，并将在其中体会征服、杀伐、殖民与疯狂，他们与神国同行，并将与他们崇拜的神明一起面对共同的命运——与星空旧日与祂们的眷族展开殊死搏斗。自地球启程前，一些在末日中幸存下来的隐秘组织残余也悄悄来到了星舰之上，并在之后建立的各支舰船上建立了势力，他们对于权力与信仰的争夺将影响着混沌人类的命运，也深刻的改变了主角的生存轨迹。